济宁学院计算机科学与工程学院坚持“人才强院、教学立院、科研兴院”发展战略，以内涵发展、特色发展和高质量发展为核心，积极搭建科研平台、建设人才队伍、提升科创能力，促进科研工作提质增效。

学院建有机器人实验室、3D打印实验室等2个重点实验室。近年来先后承担各级各类科研项目50余项，其中国家自然基金项目1项，中国博士后科学基金面上资助项目1项，教育部人文社科规划基金项目1项，山东省高等学校“青创人才引育计划”项目1项，山东省自然基金项目3项，山东省重点研发计划（软科学）项目2项，山东省教育厅高校科研发展计划项目4项，济宁市重点研发计划项目10余项。2023年我院科研经费达500万元，其中纵向项目经费约240万元。发表科研论文100余篇，其中EI，SCI收录论文40余篇，出版学术专著和教材10余部，获得发明专利授权20余项，实用新型专利和软件著作权50余项。